Cara mengupas buah jeruk bali bisa dilakukan dengan mempersiapkan alat yang akan digunakan. Anda bisa memilih jenis alat yang digunakan, baik itu pisau, cutter, ataupun golok kecil. Pada dasarnya kulit jeruk bali tidak terlalu keras sehingga alat potong yang tidak terlalu tajam sudah cukup untuk mengupas bagian kulit terluar. Sebelum digunakan, pastikan alat potong sudah dicuci bersih. Proses mengupas kulit jeruk bali dimulai di bagian atas dan bawah, sebagai ilustrasi kupas kedua kutubnya. Lakukan secara perlahan dan buat sayatan kecil setebal kira-kira 3 cm saja. Kupas secara perlahan hingga terlihat bagian isi dimana Anda bisa melihat bagian ruas jeruk di dalamnya.
Jika kedua kutub buah jeruk bali sudah terlihat daging di dalamnya, proses selanjutnya adalah membuat sebuah sayatan melintang. Pastikan potongan tersebut memiliki alur yang sama dengan posisi buah jeruk di dalamnya. Selanjutnya Anda bisa mulai untuk memotong bagian kulit terluar dengan satu garis lurus secara vertikal. Lakukan di bagian area lain mengikuti pola posisi daging jeruk di dalamnya. Setelah itu, Anda bisa mulai untuk mengelupas bagian kulit terluar. Setelah berhasil, buah jeruk bali masih memiliki lapisan selaput yang melindungi air, biji, dan juga bulir jeruk di dalamnya. Saat masih berbentuk bola, bersihkan bagian tersebut dengan air mengalir sebelum memotong ataupun mengambil bulir jeruk di dalamnya. Tujuannya agar tidak ada sisa kotoran yang menempel pada lapisan kulit tipis tersebut.
Pada tahap ini, cara mengupas buah jeruk bali sudah selesai dan Anda sudah bisa menikmati daging buahnya. Anda bisa mengupas bagian kulit tipis jeruk bali tersebut jika berniat untuk mengkonsumsinya secara langsung. Akan tetapi jika ingin tahan lama, biarkan buah terbungkus kulit tipis dan kupas jika akan dimakan. Agar lebih tahan lama Anda bisa menyimpannya di lemari pendingin agar buah tetap segar dan rasa manisnya tetap terjaga. Bagian selaput tipis pembungkus bulir jeruk harus dihilangkan agar tidak ada rasa pahit saat dimakan.